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南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的融医疗、教学、科研于一体、与国际接轨的目前江苏省唯一一家三级眼科专科非营利性医院，是江苏省公费医疗、新农合、南京市公费医疗及江苏省、南京市城镇职工和居民医保定点眼科专科医院，是江苏医保和新农合省级转诊定点医院。为江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，南京医科大学硕士生培养基地，南京医科大学博士生培养点，中国中西医结合学会眼科专业委员会眼视光协作组组长单位，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室、南京医科大学眼视光学和视觉科学重点实验室，南京市眼科医学重点专科，南京医科大学眼科学(眼视光学)校级重点学科。2012年8月27日，医院被评为国家临床重点专科建设项目单位。
1994年在江苏省卫生厅、南京医科大学及其一附院的关心下，在日本名古屋NAGALION俱乐部、国际著名眼科专家安藤文隆博士、邱信男院长、杉田院长等国际友人的共同支持下，诞生了江苏省第一个国际合作性眼科专科医院——中日友好南京眼科医院(江苏省人民医院眼科分院)。医院在江苏省率先开展了视网膜玻璃体手术、白内障超声乳化人工晶体植入术、飞秒激光近视矫正、深板层角膜移植术、眼前段再造术、难治性眼外伤手术(包括眼内非磁性异物取出术及联合角膜移植人工晶体植入视网膜玻璃体手术)、非穿透滤过手术等一系列与国际水平同步的现代显微眼科手术，至今仍然代表着眼科临床最复杂的手术技能，为江苏省眼科手术水平的整体提高，作出了巨大贡献。经过多年临床实践的积淀，形成了医院的显著特色，即高水平的眼科显微手术技术和高技能诊治疑难杂症。
2004年10月，南京医科大学眼科医院创建。医院一期建筑面积3360m2，床位数80张，是目前南京市所有医院中眼科床位数最多的眼科医院。职工133人。医院依托南京医科大学的雄厚资源，坚持“人才兴院”、“科技兴院”的方针，积极引进高端人才，组建高层次的医疗队伍。目前，医院拥有副教授(副主任医师)以上20人，其中教授(主任医师)9人，副教授(副主任医师)11人，博士5人，博士生导师1人，硕士生导师3人，具有全省所有医院中眼科整体实力最强的人才优势。人才优势使医院具有及时掌握和运用国际最新眼科技术的实力，已获得中华医学科技奖三等奖、江苏省医学科技进步一等奖一项、江苏省科技进步三等奖三项、卫生厅科技进步奖、新技术引进奖一等奖各一项，承担国家自然科学基金二项，国家“973”前期专项课题一项，完成江苏省自然科学基金(基础研究计划)项目两项，江苏省高校自然科学基础研究项目两项，南京市科技计划项目一项，南京医科大学校内基金七项，江苏省博士后基金两项。医院不断加强师资队伍建设，承担了南京医科大学儿科、心理以及医学影像专业《眼科学》理论和见习教学任务，2006级眼耳鼻喉专业《眼科学》与《临床视光学》理论和见习、实习教学任务，南京中医药大学《视觉神经生理学》理论和见习教学任务以及金陵视光学院眼视光专业学生实习任务。眼视光专业获得卫生部、教育部批准，已于2009年招生，目前在校76名学生。在积极开展医疗、教学的基础上，医院把开展科研任务放在医院发展的重要地位。自成立以来，医院已有33篇学术论文被SCI收录。
医院眼科系南京市医学重点专科，设有白内障科、青光眼科、屈光、角膜病科、葡萄膜眼底病科、眼外伤科、、眼表科、泪道疾病科、眼肌斜弱视科、中西医结合眼科、眼肿瘤整形科等16个专科，开设了专家专病门诊，由著名专家担任学科专科带头人。
医院在江苏省内率先制订了各类疾病的规范诊疗流程，如斜视弱视诊疗流程、青光眼诊疗流程、眼底病诊疗流程、白内障诊疗流、医学验光诊疗流程等，做到充分利用循证医学，使诊疗行为规范化，从而对一些容易忽视、误诊的眼科疾病做到早期发现、诊断和治疗。
医院拥有江苏省内最先进的全套眼科诊疗设备，包括准分子激光近视治疗仪、YAG激光机、532眼底激光机、超声乳化仪(冷超乳)、玻璃体切割机、ZEISS手术显微镜等全套进口治疗设备以及OCT(光学相干断层扫描)、全套视觉电生理检查仪、视野检查仪、眼底照相及眼底荧光血管造影和脉络膜血管造影仪、附20Hz的最新眼科专科A/B超、角膜地形图、IOL-master、全景200广角激光眼底照相机、博士伦MILLENNIUMTM 玻切/超声乳化仪、SOVEREIGN COMPACT超声乳化仪、Zeiss手术显微镜、角膜共焦显微镜、角膜内皮检查仪、视网膜厚度分析仪等一系列进口检查设备，具有省内设备最先进、最新最全的优势。
医院与美国哈佛大学、布朗大学、普鲁维顿斯大学、日本名古屋大学、杉田眼科病院等有着广泛的国际间学术交流。从2004年10月建立以来，已为江苏省及外省市30多万名眼科疑难病人以及外宾服务，赢得了良好的社会声誉。2006年底和2007年初，国家发改委综合改革司副司长连启华、国家医师协会会长殷大奎分别率员对医院进行考察，对医院规范管理、高水平治疗、亲情式服务给予高度评价。医院被南京市医保评为“AAA级诚信单位”，被南京市卫生局授予“全市医院管理年活动先进单位”，被江苏省人力资源和社会保障厅授予“江苏省省级公费医疗定点医院先进单位”，被江苏省物价局授予“江苏省价格诚信单位”，被江苏省卫生厅评为“江苏省平安医院”医院，党组织被鼓楼区委授予“先进基层党组织”。
为了回报各级政府和社会对医院的厚爱，医院参与了大量的公益活动。组织专家到南京社区举办预防眼病讲座，定期组织专家义诊，组织医疗队到乡镇免费为眼病患者诊疗等。2006年，在省残联、省红十字会、省卫生厅组织的“江苏博爱光明行动”中，医院承担了主要的医疗活动，免费为南京地区300多名生活困难的白内障患者进行了复明手术。2008年四川汶川大地震第2天，医院向灾区捐款30万元。2009年台湾同胞遭受自然灾害，医院在第一时间捐赠20万元现金。2010年4月青海玉树地震，医院捐赠10万元现金，全体员工用自己的行动展示“人道、博爱、奉献”的精神。此外，医院每年免费为享受低保的白内障患者进行手术，几年来已治愈近千名患者。
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